Muzeum gromadzi zbiory w dwóch podstawowych działach: archeologicznym i historycznym.

Zabytki archeologiczne pochodzą zarówno z przypadkowych znalezisk jak też prac wykopaliskowych prowadzonych w Przasnyszu i okolicy. Są wśród nich neolityczne siekierki, toporki, groty krzemienne i kamienne, odłupki krzemienne, naczynia ceramiczne kultury łużyckiej i przeworskiej, średniowieczne topory bojowe i groty do włóczni oraz naczynia aptekarskie z XVII w.

W dziale historycznym gromadzone są eksponaty i archiwalia dotyczące historii Przasnysza i regionu ze szczególnym uwzględnieniem dziejów rzemiosła i handlu, m.in. z pierwszej połowy XIX w. Gromadzone są również dyplomy rzemieślników przasnyskich z okresu międzywojennego, dokumenty wystawione przez różne instytucje przasnyskie na początku XX wieku i w II RP, fotografie obrazujące przejawy życia kulturalnego i społecznego oraz zdjęcia dawnego Przasnysza.

W ostatnich latach istotne znaczenie przywiązuje się do dokumentowania przejawów kultu św. Stanisława Kostki (zwłaszcza na terenie Mazowsza) oraz życia i działalności wybitnych przasnyszan: artysty plastyka Stanisława Ostoi-Kotkowskiego, pasjonisty o. Bernarda Kryszkiewicza, przyrodnika i działacza społecznego Stanisława Chełchowskiego